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脱氧核糖核酸柔性的分子动力学模拟:Amber bsc1和bsc0力场的对比研究

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熊开欣, 席昆, 鲍磊, 张忠良, 谭志杰. 2018: 脱氧核糖核酸柔性的分子动力学模拟:Amber bsc1和bsc0力场的对比研究, 物理学报, 67(10): 253-262.
引用本文: 熊开欣, 席昆, 鲍磊, 张忠良, 谭志杰. 2018: 脱氧核糖核酸柔性的分子动力学模拟:Amber bsc1和bsc0力场的对比研究, 物理学报, 67(10): 253-262.
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Xiong Kai-Xin, Xi Kun, Bao Lei, Zhang Zhong-Liang, Tan Zhi-Jie. 2018: Molecular dynamics simulations on DNA flexibility: a comparative study of Amber bsc1 and bsc0 force fields, Acta Physica Sinica, 67(10): 253-262.
Citation: Xiong Kai-Xin, Xi Kun, Bao Lei, Zhang Zhong-Liang, Tan Zhi-Jie. 2018: Molecular dynamics simulations on DNA flexibility: a comparative study of Amber bsc1 and bsc0 force fields, Acta Physica Sinica, 67(10): 253-262.
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脱氧核糖核酸柔性的分子动力学模拟:Amber bsc1和bsc0力场的对比研究

  • 武汉大学物理科学与技术学院,武汉,430072

Molecular dynamics simulations on DNA flexibility: a comparative study of Amber bsc1 and bsc0 force fields

  • 摘要: 脱氧核糖核酸(DNA)的结构柔性对DNA生物功能的实现具有重要作用,全原子分子动力学模拟是一种研究DNA结构柔性的重要方法.DNA的分子动力学力场在Amber bsc0基础上有了进一步的发展,即Amber bsc1.本文采用基于最新bsc1力场和先前bsc0力场的分子动力学模拟对DNA的宏观柔性和微观柔性进行对比研究,发现力场的改进对DNA宏观柔性参量的预测有一定改善,即所预测的拉伸模量和扭转-伸缩耦合比与实验值更为接近,而弯曲持久长度和扭转持久长度两种力场结果皆与实验值一致.微观分析发现,除了滑移量稍变大,bsc1力场得到的微观结构参量如扭转角和倾斜角与实验值更为接近,且新力场下DNA宏观柔性的改善与DNA的微观结构参量及其涨落紧密相关.
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出版历程
  • 刊出日期:  2018-05-30

脱氧核糖核酸柔性的分子动力学模拟:Amber bsc1和bsc0力场的对比研究

  • 武汉大学物理科学与技术学院,武汉,430072

摘要: 脱氧核糖核酸(DNA)的结构柔性对DNA生物功能的实现具有重要作用,全原子分子动力学模拟是一种研究DNA结构柔性的重要方法.DNA的分子动力学力场在Amber bsc0基础上有了进一步的发展,即Amber bsc1.本文采用基于最新bsc1力场和先前bsc0力场的分子动力学模拟对DNA的宏观柔性和微观柔性进行对比研究,发现力场的改进对DNA宏观柔性参量的预测有一定改善,即所预测的拉伸模量和扭转-伸缩耦合比与实验值更为接近,而弯曲持久长度和扭转持久长度两种力场结果皆与实验值一致.微观分析发现,除了滑移量稍变大,bsc1力场得到的微观结构参量如扭转角和倾斜角与实验值更为接近,且新力场下DNA宏观柔性的改善与DNA的微观结构参量及其涨落紧密相关.

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